之所以在这个地方建馆，首先，据史料记载，这里是“江东门大屠杀遗址”。且随后在江东门同一个地点，三次不同时间里均发现的南京大屠杀遇难者遗骸，也充分论证了此处正是侵华日军集体屠杀遗址、南京大屠杀遇难同胞丛葬地之一。
1982年，南京市在进行文物普查时，发现江东门农民菜地里的两个大坑挖开后白骨累累。据当地群众反映，这里是当年日军大屠杀的现场和掩埋尸体的“万人坑”。
1998年到1999年间，纪念馆工作人员在馆内遇难同胞遗骨陈列室北侧草坪坡上，又陆续清理发掘出208具南京大屠杀遇难者表层遗骨。这些遗骨分布在地表七层，分布面积达170平方米。经鉴定证实，这批遗骨就是南京大屠杀遇难者的遗骨。
2007年，在新馆施工工地，第三次发现了遇难者遗骨19具。经过法医和考古专家的鉴定，认定为南京大屠杀遇难者遗骸。11月，在新馆展厅封顶之际，这批遗骸整体恢复，原地原貌地陈列在新展厅内。
南京多处遇难同胞丛葬地摆满鲜花，我们需要时刻的铭记历史，我们年轻人需要奋斗努力，自强才能保卫我们的国家。
